본 연구소의 조직은 연구소 업무를 총괄하는 연구소장를 중심으로 연구소의 중요사항을 심의하기 위한 운영위원회, 연구소 실무업무를 수행하는 간사 외에 농업생산분과, 농산물이용‧가공분과, 농업생산기반분과, 농업환경분과, 농촌사회‧경제분과와 연구소에 관한 일반 행정업무와 자료의 수집‧정리‧관리를 담당하는 연구지원실 등 5개 분과 1실로 업무를 분장하여 각 분과별로 다음과 같은 업무를 수행하고 있다.

- 식량, 원예, 공예사료작물에 관한 기초 및 응용연구
- 시설원예 및 환경조절농업에 관한 연구
- 산림자원개발에 관한 연구
- 가축사양 및 사료, 가축육종 및 번식, 조사료 생산에 관한 연구

- 농산물의 가공 및 이용에 관한 연구
- 농산물의 저장에 관한 연구
- 산림자원 이용에 관한 연구
- 축산물의 가공과 이용 및 농업부산물 이용에 관한 연구

- 농업토목, 농업기계, 농업건축 및 기타 농업시설에 관한 연구
- 축사 및 축산기계에 관한 연구
- 농촌생활환경의 개선 및 생산기반조성에 관한 연구
- 농촌의 구조개선 및 계획에 관한 연구

- 식물병리, 농림곤충 및 잡초방제, 농약에 관한 연구
- 토양, 비료에 관한 연구
- 조경 및 환경보전에 관한 연구
- 축산폐기물 및 이와 관련된 환경보전에 관한 연구
- 지속농업 및 환경농업에 관한 연구

- 농가소득증대, 농가경제, 농업정책에 관한 연구
- 지역농업의 구조개선에 관한 연구
- 지역 농산물의 유통 및 시장개척에 관한 연구
- 지역 농업정보시스템의 정보화‧체계화에 관한 연구

- 조경계획, 설계 및 시공에 관한 연구
- 관광휴양 및 유원지조성에 관한 연구
- 문화, 사적지 조경에 관한 연구
- 생태관광에 관한 연구
- 환경생태, 경관생태 및 환경 영향평가에 관한 연구

- 차세대를 위한 농업생물과학 교육 및 훈련
- 농업 경영인을 위한 신기술 교육 및 훈련
- 농민 후계자 육성을 위한 농업전문 교육 및 훈련
- 농업생물과학의 이해를 위한 교양교육

- 연구소에 관한 일반 행정업무와 자료의 수집・정리・관리

- 농업생산성 향상을 위한 각종 신소재 개발에 관한 연구